Depuis 2003, le Vélo-Club Cluses-Scionzier est le produit de la fusion du Vélo-Club Clusien et du Vélo-Club de Scionzier. Chacun de ces deux clubs a une histoire riche. À Cluses, dès le début du XXᵉ siècle furent organisées des courses de vélo, mais sans que les cyclistes soient véritablement regroupés en association. Un premier club fut créé en 1923, mais ne dura que jusqu’en 1927. C’est après la démobilisation de 1940 qu’un groupe de fervents de la bicyclette créa la « Pédale clusienne », présidée par Monsieur Housseau.

À cette époque, une grande course était organisée le lundi de Pentecôte. Elle attirait un public considérable dans la Grand-rue où était tracée la ligne d’arrivée. Ce fut le regretté Camille Danguillaume qui la gagna deux fois avec brio. Hélas, la « Pédale clusienne » s’éteignit peu à peu dans les années qui suivirent.

Il fallut attendre 1963 pour que Messieurs Lonfat, Cartier et Pitton fondent le « Vélo-Club Clusien » et que celui-ci ne se tourne résolument vers la compétition. De 1965 à 1967, sous la présidence de M. Lonfat, le club enregistre de brillants résultats dans toutes les catégories. Bernard Cartier et Michel Voisin qui s’affirme déjà comme le meilleur grimpeur régional, entrainent avec eux Bécus, Bigliardi et Léger vers le succès.

L’année 1967 verra, avec la venue des frères Locatelli, l’apogée du club. Gilles, notamment, devient champion Dauphiné-Savoie à Thonon devant Michel Voisin et en 1968, il porte haut le fanion du VCC en se classant 5ᵉ de la Polymultipliée devant Raymond Poulidor et en disputant le Tour d’Italie avec l’équipe Bic d’Anquetil.

Dans les années 1980, le Vélo-Club clusien connait de belles performances avec Michel Conseil et Stéphane Cartier quelques années plus tard.

À Scionzier, dès 1906, on parle vélo avec l’Union Cyliste devenue en 1924 le Vélo-Club avec comme premier président Monsieur Massias. Pendant de très longues années, ce club sportif a fait briller ses couleurs « orange et vert » sur toutes les routes de la région. Non seulement, il avait de très nombreux licenciés de valeur, mais il organisait plusieurs compétitions : courses de côte contre la montre Scionzier-Romme, Scionzier-Mont-Saxonnex, Scionzier-Le Reposoir ; des nocturnes d’abord au centre-ville puis dans le quartier du Crozet et enfin ses deux fleurons qui existent encore chaque année et que le nouveau club Cluses-Scionzier continue d’organiser : le Circuit de Printemps le lundi de Pâques et le Grand Prix du Faucigny en septembre. Mais en 1983, un nouveau tournant survient pour le club : il n’y a plus de licenciés coureurs, mais le club reste un club organisateur. Malgré la passion qui anime les quatre ou cinq derniers bénévoles, l’organisation d’épreuves sur route devient difficile sans une grosse structure, d’où l’idée intéressante d’une fusion avec le club voisin de Cluses.